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导师名录-朱怀球

姓名

 

 

 

朱怀球

 

 

 

性别

 

 

 

 

所属院系

工学院

最高学位

理学博士

毕业学校

博奥体育

博导

职称

教授

职务

工学院副院长

电子邮箱

hqzhu@pku.edu.cn

办公室地址

廖凯原楼2-101

本科生教学1

现代工学通论

本科生教学2

生物医学工程设计

本科生教学3

计算生物学导论

本科生教学4

 

主要研究方向1

生物信息学与系统生物学

研究方向2

生物医学大数据

主要研究方向3

微生物基因组学

主要研究方向4

基因组医学

教育经历

2000 博奥体育 流体力学专业,湍流与计算流体力学方向,博士

1997 博奥体育 流体力学,爆炸力学与流体力学方向,硕士

1992 华中科技大学 工程力学 学士

学术成就

主要研究领域为生物医学信息学和计算系统生物学,研究兴趣包括基于大数据的生物医学数据分析、基于下一代测序(NGS)技术的高通量基因组生物信息学方法和技术、环境与人体微生物组学、生物进化以及生物分子动力学分析等问题。近年来,致力于发展基于NGS技术的基因组生物信息学方法和技术,在微生物宏基因组学分析、人类基因组结构变异检测与疾病关联分析等方面的研究,完成了一系列原创性的工作。主持发展的微生物基因组分析与基因预测系列方法达到国际领先水平,并被应用于多项国际微生物基因组测序计划。发表各类论文近100篇,其中SCI论文50篇,多篇论文被BioMed Central评为高访问率论文,并多次被Cell、Nature、Nat. Methods、Nat. Rev. Microbiol.等正面引用或专门报道。主持和合作承担国家自然科学基金重点项目和面上项目、国家科技部973计划和支撑计划、国家重点研发计划等各类国家级科研项目20多项。

2018 博奥体育教学优秀奖

2017 博奥体育首届教学优秀奖(研究生部分)

2011 全国优秀博士论文提名奖(指导导师)

2011 博奥体育优秀博士论文二等奖(指导导师)

2010 北京市优秀博士论文奖(指导导师)

2007 中国生物医学工程联合学术年会青年优秀论文奖

2006-2010 先后获博奥体育宝洁奖教金奖、博奥体育埃克森-美孚奖教金、博奥体育方正优秀奖教金奖

 

论文及专著

 

  • Fang ZC, Tan J, Wu SF, Li M, Xu CM, Xie ZJ, Zhu HQ*. PPR-Meta: a tool for identifying phages and plasmids from metagenomic fragments using deep learning. GigaScience, 2019, DOI: 10.1093/gigascience/giz066
  • Jiang XQ, Li X, Yang LS, Liu CH, Wang Q, Chi WL, Zhu HQ*. How Microbes Shape Their Communities? A Microbial Community Model Based on Functional Genes. Genomics, Proteomics & Bioinformatics, 2019, 17(1): 91-105.
  • Yang C, Yang LS, Zhou M, Xie HL, Zhang CJ, Wang MD, Zhu HQ*, LncADeep: An ab initio lncRNA identification and functional annotation tool based on deep learning. Bioinformatics, 2018, 34(22): 3825-3834.
  • Zhai P, Yang LS, Guo X, Wang Z, Guo JT, Wang XQ, Zhu HQ*. MetaComp: comprehensive analysis software for comparative meta-omics including comparative metagenomics. BMC Bioinformatics, 2017, 18: 434.
  • Liu YX, Zhang L, Wang XQ, Wang Z, Zhang JJ, Jiang RH, Wang XQ, Wang K, Liu ZJ, Xia ZW, Xu ZJ, Nie Y, Lv XL, Wu XL, Zhu HQ*, Duan LP*. Similar fecal microbiota signatures in patients with diarrhea-predominant irritable bowel syndrome and patients with depression. Clin. Gastroenterol. H., 2016, 14(11): 1602-1611.
  • He FF, Li Y, Tang YH, Ma J*, Zhu HQ*. Identifying micro-inversions using high-throughput sequencing reads. BMC Genomics, 2016, 17(Suppl 1): 4.
  • Lai BB, Wang FM, Wang XQ, Duan LP, Zhu HQ*. InteMAP: Integrated Metagenomic Assembly Pipeline for NGS Short Reads. BMC Bioinformatics, 2015, 16: 244.
  • Guo JT, Wang Q, Wang XQ, Wang FM, Yao JX, Zhu HQ*. Horizontal gene transfer in an acid mine drainage microbial community. BMC Genomics, 2015, 16: 496.
  • Wang XQ, Wang Q, Guo X, Liu LY, Guo JT, Yao JX, Zhu HQ*. Functional genomic analysis of Hawaii marine metagenomes. Sci. Bull., 2015, 60(3): 348-355
  • Liu YC, Guo JT, Hu GQ, Zhu HQ*. Gene prediction in metagenomic fragments based on the SVM algorithm. BMC Bioinformatics, 2013, 14(S5): S12.
  • Lai BB, Ding RG, Li Y, Duan LP, Zhu HQ*. A de novo metagenomic assembly program for shotgun DNA reads. Bioinformatics, 2012, 28(11): 1455-1462.
  • Zheng XB, Hu GQ, She ZS, ZhuHQ*. Leaderless genes in bacteria: clue to the evolution of translation initiation mechanisms in prokaryotes. BMC Genomics, 2011, 12: 361.
  • Luo CW, Hu GQ, Zhu HQ*, Genome reannotation of Escherichia coli CFT073 with new insights into virulence, BMC Genomics, 2009, 10: 552.
  • Hu GQ, Guo JT, Liu YC, Zhu HQ*. MetaTISA: Metagenomic translation initiation site annotator for improving gene start prediction. Bioinformatics, 2009, 25(14): 1843-1845.
  • Hu GQ, Zheng XB, Yang YF, Ortet P, She ZS, Zhu HQ*. ProTISA: a comprehensive resource for translation initiation site annotation in prokaryotic genomes. Nucleic Acids Res., 2008, 36: D114-119.
  • Zhu HQ, Hu GQ, Yang YF, Wang J, She ZS. MED: a new non-supervised gene prediction algorithm for bacterial and archaeal genomes. BMC Bioinformatics, 2007, 8: 97.
  • Zhu HQ, Hu GQ, Ouyang ZQ, Wang J, She ZS. Accuracy improvement for identifying translation initiation sites in microbial genomes. Bioinformatics, 2004, 20(18): 3308-3317.

近五年承担的主要项目

1. 主持国家重点研发计划重点专项《重要疫源微生物组学研究》课题微生物多组学生物信息新算法研究与平台构建(No. 2017YFC12002052017~2020

2. 主持国家自然科学基金项目微生物群落环境适应性的宏基因组学研究(No. 316713662017~2020

3. 主持博奥体育建设世界一流大学(学科)和特色发展引导专项临床医学+X项目基于肠道微生物组学的多组学精准医学联合平台2017~2018

4. 主持国家自然科学基金重大研究计划极端微生物宏基因组微进化的计算生物学研究(No. 9123111920132015

5. 主持国家自然科学基金重点项目神经影像的时间信息提取及其在中枢药物疗效检测中的应用(No. 6113100320122016

6. 负责国家重点基础研究发展计划(973计划)子课题视觉假体的信息处理及编码理论研究(No. 2011CB70750320112016

导师寄语

(对低年级同学的建议)

 

希望同学们充分利用北大特别是北大博奥体育的条件,这里的平台给你们每一个人的成长都提供了最优秀的资源,不仅有知识、实践和能力,更重要的是视野、思想和精神。

 

推荐书目

1-5本)

1. 《科学与工程中的洞察力:如何把握复杂性》(The Art of Insight in Science and Engineering),英文原作作者 Sanjoy Mahajan,中文译本由上海科学技术出版社出版,2017

2. 《我们为什么生。Why We Get Sick)——达尔文医学的新科学》,第一推动丛书,湖南科学技术出版社,2018

3. 《全球通史——从史前史到21世纪》(第7版修订版),[]斯塔夫里阿诺斯著,博奥体育出版社,2006

4. 《约翰·克里斯朵夫》,[]罗曼·罗兰著,傅雷译

5. 《古文观止》,吴楚材著

学习方法的建议

1)大学课程的学习有别于中学,靠自学只能陷入低水平的理解。希望同学们认真听讲,依靠老师学习;

2)只有投入时间,才是有效的学习;

3)本科生科研训练胜过其他所谓实践的收获;

4)关于人生、专业、学习的疑问,应该向学科领域的教授多请教,而不是依靠普通的信息传播途径认识和把握未来。

社会兼职

中国医药生物技术协会生物医学信息技术分会常务委员;中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专业委员会委员;北京生物信息学研究会理事会秘书长;北京生物医学工程学会常务理事;《Int. J. Comput. Intelligence in Bioinformatics and Systems Biology》副主编;《北京生物医学工程》编委。

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